속칭 채널A 강요미수사건 관련, 검찰총장이 채널A 기자에 대하여 구속영장을 청구하는 것이 적절한지를 판단하기 위하여 ‘전문수사자문단’을 소집하여 의견을 청취하도록 지휘하자 전문수사자문단 심의절차를 중단하고, 서울중앙지검 수사팀이 대검찰청 등 상급자의 지휘감독을 받지 아니하고 독립적으로 수사한 후 수사결과만을 검찰총장에게 보고하도록 조치하라고 지휘하였다. 

추미애 장관의 이러한 수사지휘는 검찰청법을 정면으로 위반한 것이다. 물론 검찰청법 제8조에 의하여 법무부장관은 구체적 사건에 대하여 검찰총장을 지휘감독할 수 있다. 그러나 법무부장관의 지휘감독권(수사지휘권)은 검찰총장의 검찰에 대한 지휘감독권의 본질이나 지휘감독권 그 자체를 침해하거나 박탈하여서는 안된다. 

검찰청법 제12조 제2항은 ‘검찰총장은 대검찰청의 사무를 맡아 처리하고 검찰사무를 총괄하며 검찰청의 공무원을 지휘ㆍ감독한다.’라고 규정하고 제7조 제1항은 ‘검사는 검찰사무에 관하여 소속 상급자의 지휘ㆍ감독에 따른다.’ 

제2항은 ‘검사는 구체적 사건과 관련된 제1항의 지휘ㆍ감독의 적법성 또는 정당성에 대하여 이견이 있을 때에는 이의를 제기할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 

검찰총장이 검찰의 모든 수사를 지휘감독하고, 검사들은 상급자인 검찰총장의 지휘감독에 따르도록 명시하고 있는 것이다(이의신청권을 부여하고 있지만 검찰총장이 검사의 이의에도 불구하고 그 결정이나 지시를 번복하지 아니하면 해당 검사는 그 지시에 따라야 한다). 

그런데 추 장관은 위 수사지휘권을 남용하여 채널A 기자사건 수사팀에 대한 검찰총장의 지휘감독권을 박탈한 것이다. 법무부장관의 구체적 사건에 대한 지휘권은 1) 피의자를 구속수사하라, 불구속수사하라, 2) 피의자를 기소하라, 기소하지 말아라 라는 것, 즉 검찰수사가 헌법과 법률에 위반되는지 여부, 인권을 침해하고 있는지 여부를 지휘감독하라는 것(검찰총장의 지휘감독권 제한)이지 헌법과 법률에 의하여 검찰총장에게 부여된 검찰에 대한 지휘감독권을 박탈할 것인지를 결정하는 권한이 아니다. 

이성윤 서울중앙검사장이 채널A 기자 사건수사에 대하여‘특임검사’에 준하는 권한을 요청한 것이 정당하기 때문에 법무부장관의 이러한 지휘도 정당하다고 오인할 수 있다. 

이성윤 검사장이 주장한 특임검사 제도가 검찰내규에 의하여 존재하는 것은 사실이다. 그러나 위 내규에 따르면 특정사건을 특임검사가 수사하도록 하고 검찰총장에게 수사결과만을 보고하도록 결정하는 주체는 검찰총장이다. 검찰총장 스스로 특정사건수사에 대한 지휘감독권을 자제하겠다고 결정하는 것은 검찰청법에 위반되지 않지만, 법무부장관이 검찰총장의 수사지휘감독권을 박탈하는 것은 헌법과 검찰청법에 명백히 위반되는 것이다.